用聚丙烯酰胺為支持基質(zhì)的電泳程序。一般說(shuō)來(lái)，實(shí)現(xiàn)聚丙烯酰胺凝膠電泳有兩種類型。
        1、單向電泳：采用完整的蛋白質(zhì)或用十二烷基硫酸鈉(SDS）處理的蛋白質(zhì)的單向泳動(dòng)，在有凝膠的平板上平行分離（過(guò)去也有用在玻管中的圓筒形棒狀凝膠進(jìn)行電泳的，現(xiàn)已很少有人使用）。
        2、雙向電泳：首先用天然蛋白質(zhì)進(jìn)行分離，然后凝膠平板再用SDS處理，樣品便在第二向得到分離。第一次分離了各種各樣的蛋白質(zhì)，因此第二向分離的是蛋白質(zhì)亞基。          主要優(yōu)點(diǎn)是：
        ⑴合成聚合物，故重復(fù)性良好；
        ⑵分離能力好；
        ⑶通過(guò)增減丙烯酰胺單體和交聯(lián)劑（N,N′-亞甲基雙丙烯酰胺）的濃度，可以調(diào)節(jié)凝膠的孔徑大??；
        ⑷操作簡(jiǎn)便、時(shí)間短；
        ⑸化學(xué)性質(zhì)穩(wěn)定、機(jī)械性能好，柔軟；
        ⑹在酸性或堿性緩沖液中均可進(jìn)行電泳，而且可加入兩性電解質(zhì)進(jìn)行等電點(diǎn)電泳，可用含電解質(zhì)表面活性劑（SDS）或非電解質(zhì)表面活性劑（Np40、Tritonx-100等）的凝膠進(jìn)行電泳，亦可使兩者組合進(jìn)行雙向電泳等等，使用范圍廣泛，利用價(jià)值日益提高；
        ⑺由于染色技術(shù)的進(jìn)步，可以進(jìn)行定量，也可檢測(cè)出極微量的斑點(diǎn)（瓊脂糖電泳）。